紧急避孕药的副作用是会出现短期的恶心，甚至会呕吐，头痛、胸胀，短期内就会消失。临床上比较常见的，它会影响月经，可能会遇到月经提前，或让月经推后，但大多数都会让月经提前，引起不该来月经时就出现阴道出血。还有可能意外妊娠。
紧急避孕药是无计划同房，也是无计划的性生活后的补救措施，不能作为常规的避孕手段，这是首先要强调的。紧急避孕药可以通过抑制排卵来达到避孕的目的。它的口服方法是在无保护性性生活72小时之内，越早越好。口服第一片12个小时后再服第二片，这是紧急避孕药的服用方式。
因为它含有大剂量孕激素，它含有的孕激素是口服短效避孕药孕激素的八倍。所以不建议常规使用，仅仅作为无保护性性生活的补救措施，一年之内不能口服超过三次，一个月不能超过一次，这是紧急避孕药服用的注意事项。
服用紧急避孕药后，还有可能是，即使用了口服避孕药，也可能会产生妊娠，还可能会产生异位妊娠。所以即使口服短效避孕药后，出现阴道出血或月经没来潮的情况，也要去医院看，有可能就有意外妊娠的出现。紧急避孕药的副作用是以上介绍的，大多数会出现恶心、头痛、胸胀这些常规的症状，比较常见的影响月经，可能有不愿意出现的意外妊娠的情况。