强直性脊柱炎的病因也分为内因和外因，与基因有关，还和后天免疫因素有关。
一、内因，也是基因。强直性脊柱炎的基因的遗传性在所有风湿病里面的相关性最强，HLA-B27基因阳性是强直性脊柱炎的一个非常明确的相关易感基因，而且它具有明显的遗传性，如果一个年轻男性出现腰背痛，我们会给病人检测这个基因是否阳性，一旦出现阳性，尤其一些更相关的亚型，比如2704、2705亚型，就提示这个人强直性脊柱炎的风险可能会比较高，他的基因一定是来自于他的父亲或者是母亲，所以这是目前最明确的和基因相关的风湿病。
二、除基因以外还有一些后天的因素，一些免疫相关的因素。比如感染相关，尤其是肠道免疫相关，可能跟这个病的发病更有相关性，和基因共同配合作用可以导致患者出现相关的临床表现。当然这个疾病的基因不仅仅是B27一种，也可以有其它的，现在也发现很多其它的相关的基因和这个疾病是具有相关性，但这个疾病也是基因加后天免疫异常共同导致的一种疾病。