在确定治疗方案前，需要知道手腕囊肿是如何出现的。大部分的手腕囊肿是来源于腕关节腔的，腕关节往往会有一次外伤史，或者是反复使用腕关节，比如拧毛巾、洗碗，或者是纺织工人也经常使用手腕，就容易导致腕关节囊薄弱，关节液顺着腕关节囊，薄弱点突出到皮下，就形成一个囊肿。
如果患者不想做手术治疗，或囊肿体积比较小，没有明显的疼痛、肿胀等不适，可以采取保守治疗，观察随访就可以了，每半年复查一次彩超，轻度的不适可以外敷膏药。如果患者手腕囊肿产生了疼痛或肿胀的感觉，而且囊肿比较大，可以建议患者采取手术切除的方法治疗，这样做比较容易根治，切除的时候要将与关节囊相连的蒂部进行缝合，避免缺损。如果患者不想做手术，也可以给与囊肿局部加压，把囊肿挤破，可以缓解疼痛，使囊肿暂时消失，但后期囊肿会有再次复发的可能性。也可以建议患者佩戴护腕，短期内限制腕关节的活动，避免过度劳损腕关节，可以让患者自己定期按压囊肿所在的位置，顺时针的按摩，减少囊肿复发的概率。对于囊肿体积较大的，影响外观的，有明显疼痛，甚至出现手指麻木，就说明有可能压迫神经了，就建议行手术切除，手术切除的时候一定要注意完整地切除囊壁，避免残留，腕关节囊肿多由于蒂部与关节腔相通，所以需要找到关节囊薄弱区，加以缝合加固，制动两周，瘢痕愈合后再进行活动。