肾结石的治疗需要综合很多因素来制定，针对患者的一般状况，结石的大小，是否形成了肾积水等情况。
没有症状的结石，结石负荷不大，未造成肾积水、无感染性结石的情况，可以采用保守治疗，通过多饮水、多运动、口服药物等治疗，肾结石有自行排除的可能性，对于症状性的结石或者已经造成肾积水的结石，需要积极的治疗。
对于小于两厘米的结石，首选可以通过体外冲击波碎石、体外冲击波碎石，不需要打麻醉，在门诊即可进行，用机器产生超声波，把结石粉碎之后，通过多喝水、多运动，结石可以自行的排除。
对于体外冲击波碎石失败，或是存在其他的因素，不能进行体外碎石的，可以通过输尿管软镜进行手术。手术过程当中，利用激光把结石碎成粉末化，手术之后结石也可以自行排除。
通过经皮肾镜进行手术治疗，对于结石偏大了，大约两公分、鹿角状或者铸型结石，首先选择的还是一个经皮肾镜的手术，在肾脏上打一个洞，通过镜子进去之后利用激光把结石碎掉，可以通过用盐水把碎的结石全都冲出体外，方法确实效率比较高，手术比较快。