治疗肾结石针对没有症状的肾结石采用保守治疗，有症状的肾结石进行体外碎石治疗。
肾结石治疗方案的制定，需要综合很多的因素，比如患者的状况、结石的大小、是否形成肾积水、是否合并感染。没有症状的肾结石负荷不大，没有造成肾积水的，没有感染性的结石，可以采用保守治疗，通过多饮水、多运动、口服药物等，结石有自行排除的可能性。
对于症状性的肾结石，或者已经造成肾积水的结石，需要积极的治疗。小于两厘米的结石，可以做体外冲击波碎石，在门诊即可应用，不需要打麻醉，极为微创，体外碎石之后可以回家，不影响正常的生活和工作。
不能采取体外碎石的患者，可以应用输尿管软镜来处理肾结石。软镜也是极为微创的方法，通过尿道进一个镜子，在肾脏内找到结石，将结石击碎，术后观察一至两天即可出院。
对于大的结石，大于两厘米的结石或者鹿角状的结石，首选还是经皮肾镜的手术，通过肾脏的通道将结石碎掉。但是可能会造成肾脏的出血，有时候可能会致命性。此外也可以通过腹腔镜、肾盂切开取石或者开放手术，不但可以完整的取出结石，还可以处理肾盂、输尿管的狭窄性的病变。不管是微创手术还是开放手术，均有手术风险，需要谨慎评估之后，才能选择具体的治疗方案。