滴虫性阴道炎有非常特效的药物，如果分泌物中经过检查确认看到阴道毛滴虫，诊断为滴虫性阴道炎，用甲硝唑类药物。
如果外阴痒很严重，可以用外阴洗液。外阴洗液选择市场上很常见的洗液或清水洗。洗干净外阴后，阴道放置甲硝唑栓剂或凝胶剂，同时建议口服甲硝唑片。甲硝唑片很廉价，用足7天，包括阴道和口服都用足7天，停药3到5天后需到医院复查，再取分泌物复查滴虫。
滴虫性阴道炎是外来感染，女性阴道有正常菌群有很多种菌，但没有滴虫。如果得了滴虫性阴道炎一定是外来感染，找到原因进行预防，滴虫性阴道炎要求夫妻同治或性伴侣一起治疗。对于男性会引起男性泌尿系感染，查尿常规时在尿里见到阴道毛滴虫。男性治疗可以选择外洗和口服，口服采用甲硝唑片，开药时给男方开甲硝唑片，口服要一周时间。