怀孕三个月肚子隐隐作痛，一般是先兆流产的表现，与宫缩相关。但需要除外宫外孕、胚胎停育等特殊情况、也需要除外子宫肌瘤变性、卵巢囊肿扭转等盆腔肿瘤情况、甚至需要除外阑尾炎、泌尿系结石、泌尿系感染、肠痉挛、肠梗阻等外科情况，要做好鉴别诊断和处理。
怀孕三个月肚子隐隐作痛，最常见的原因是先兆流产，一般随着孕囊增大会刺激宫缩，有时就会表现为肚子隐隐作痛，要做B超检查。如果B超检查胎心、胎芽都很好，这时一般考虑先兆流产是宫缩导致，要给与宫缩抑制剂保胎治疗。孕三个月一般选择孕激素制剂，比如地屈孕酮、黄体酮胶丸等等，当然也要做B超检查，除外其他情况。如果B超检查发现，既往有胎心又消失，诊断胚胎停育，胚胎停育也是孕三个月肚子隐痛的原因，如果确实诊断胚胎停育，要终止妊娠、清宫，也要做B超检查，除外子宫肌瘤变性、卵巢囊肿扭转等盆腔肿瘤情况。这些盆腔肿瘤有时也有这种临床表现，必要时对于肚子隐痛还要请外科会诊，除外阑尾炎、除外泌尿系感染、泌尿系结石等外科情况、也要除外肠痉挛、肠梗阻等胃肠道疾病。所以孕三个月肚子隐痛，大部分是先兆流产的表现，但需要除外其他妊娠相关情况、需要除外盆腔肿瘤情况、甚至需要除外外科情况引起的肚子隐痛。