怀孕六周是可以做B超的，而且建议要做B超检查。一般来说，孕六周，也就是从末次月经第一天算起，六周左右要进行第一次B超检查，B超检查不会对胚胎造成不良影响。而且这时，一般建议要做第一次B超检查，以鉴别宫内孕还是宫外孕。
孕六周左右，绝大部分宫内孕做B超检查是可以看到宫内孕囊的。如果这时B超检查，仍然没有看到宫内孕囊，就要考虑宫外孕的可能，要进一步做血HCG检查，以明确是否是宫外孕。
如果这时血HCG，超过2500~3000IU/L，而B超未见宫内孕囊，诊断宫外孕，这常常是宫外孕的最早期诊断，常常还没有腹痛，阴道出血等宫外孕的临床表现。这时诊断宫外孕非常有利，可以做到早期处理，就可以避免宫外孕破裂等致命危险。
如果这时血HCG小于2500~3000IU/L，B超没看到宫内孕囊，要定期随诊观察，有时与排卵较晚，受精卵形成较晚相关。在随诊观察过程中，随着血HCG的升高，就会逐渐看到宫内孕囊了。但如果在随便观察过程中，血HCG升高超过2500~3000IU/L，B超仍然未见宫内孕囊，这时我们就可以诊断宫外孕了，要给与宫外孕的相应特异处理，包括药物保守治疗，以及手术治疗。如果血HCG不是特别高，没有看到胎心，常常就可以先选择药物保守治疗，以避免手术创伤和风险。