性别认同障碍通过专业的心理辅导，促使患者不再去改变他的性别。如果患者对自己的性别非常的厌恶。比如一个男生非常厌恶自己男性的身体，一般情况就不再给予心理干预了。
对自身性别的认定，与解剖生理上的性别特征呈逆反心理，持续存在厌恶和改变本身性别的心理特征，还有解剖特征，以达到转换性别的强烈愿望，要求变化为异性的解剖生理特征，或用手术，或用异性激素，那么这是性别认同障碍的定义。
性爱倾向为纯粹的同性恋，以排除其他精神疾病所致的类似表现。无生殖器解剖生理畸形或内分泌异常。性别认同障碍的定义是希望成为异性被别人接受，希望通过外科手术或激素治疗，使自己的躯体尽可能与自己所偏爱的性别一致，转换性别的认同至少已经持续两年以上，不是其他精神障碍的症状，或与染色体异常有关的症状。
通过心理治疗来探索性别认同角色和展现，减轻内在的跨性别恐惧症，加强社会的支持，改变性别展现和角色，可能会涉及到或部分的时段，与自己的性别认同一致的另一种改变性别角色的生活。患者可能以荷尔蒙激素疗法促进女性化或男性化的身体改变，也可能以手术改变为主，或次要的性特征，比如乳房、胸部、外部和内部的生殖器官、脸型身体的轮廓。