第三阶段为痛风中期，由刚开始发病时的一个脚趾关节开始，痛风性关节炎可反复急性发作，并逐渐波及指关节、趾关节、腕关节、踝关节、膝关节等全身关节，进而周围的软组织和骨质也遭到不同程度的侵犯和功能障碍。

这一阶段痛风性关节炎由于反复急性发作造成的损伤，使关节出现不同程度的骨质破坏、关节畸形与功能障碍，形成慢性痛风性关节炎。尿酸结晶不断沉积，慢慢地形成了结石一般的“痛风石”。此时，肾功能正常或表现为轻度下降。这一阶段痛风的特点是痛风石和关节畸形，高尿酸血症实际则是更严重了，而肾脏功能已受到影响。

痛风第三阶段的治疗主要针对痛风石和肾脏的病变。

痛风石最早出现在如耳部等体温相对较低的部位，这说明过多的尿酸开始沉积在组织中，相继出现在身体的其他部位。当过多的尿酸沉积在肾小管，或排至肾小盏、肾盏和肾盂，形成尿酸结石。也可有尿酸性肾病及肾结石的形成，肾功能可正常或轻度减退。因此，这一阶段的治疗仍然以通过抑制尿酸生成和增加尿酸排出为主，与第一阶段的治疗内容相同。重点强调维护肾脏的排尿功能。

痛风石的治疗，实际就是抗尿酸血症的治疗，但难度较第一期大，这是因为患者体内的痛风石就是大量的尿酸储备（尿酸池的主要部分），治疗难度较大。可运用外科手术切除痛风石，以缩小人体的硝酸池，减轻尿酸对肾脏的负荷。