目前临床上对于巧克力囊肿的治疗方案的选择，需要根据患者的年龄、囊肿的大小、患者存在的临床表现和患者主要的致病原因综合的来进行考虑的。如果对于有生育要求的女性巧克力囊肿不大，仅仅表现为单纯的巧克力囊肿腹腔内没有明显的病灶，可以使用药物来缓解痛经的症状，这种情况下可以采取保守治疗，让患者尽早的怀孕解决生育要求。因为怀孕后对于子宫内膜异位症也是一种治疗，而对于年龄偏大已经有孩子的女性囊肿已经侵犯了身体的其他部位，而且症状比较重时需要进行根治性的手术，必要时也可以进行子宫以及双侧卵巢的切除。对于单发的巧克力囊肿，囊肿直径大于五厘米也可以进行腹腔镜下的囊肿剥除术，术后可以给予GNRHA药物治疗。

对于卵巢囊肿的后遗症，主要是由于手术后导致的后遗症，出现卵巢囊肿手术后，如果手术过程中没有保护好卵巢的功能，会发生卵巢功能受损，从而影响女性的月经，而且手术后容易造成盆腔的粘连。患者会出现性生活后，腹部出现疼痛，严重者会影响女性的性生活的质量，而且术后也容易发生肠粘连，这种疾病的几率会更高一些，所以一般建议做完子宫内膜异位症，卵巢囊肿手术的患者一定避免过早进食，一定要等到排气后才慢慢的进一些流质或者半流质的食物，这样就不会容易发生肠粘连，而且要积极配合医生进行治疗，适当的下地活动，有助于帮助肠道的蠕动。

目前在临床上并没有发现哪种运动能够有效的控制住巧克力囊肿。因为女性做普通运动为了增强体质提高机体的抵抗力，但是并不能够抑制巧克力囊肿的长大，也不会让巧克力囊肿出现萎缩，变小的现象。同时对于卵巢巧克力囊肿过大的女性，如果进行剧烈的运动，有可能会导致巧克力囊肿破裂，甚至会引起囊肿的扭转。所以对于巧克力囊肿太大的女性，在临床上反而建议禁止做剧烈的运动。同时，在医生的诊疗下，应格外建议尽快的进行手术切除治疗，将巧克力囊肿病灶进行切除，术后要积极的预防复发。

如果术后反应较大，症状严重需要进行打针，如果不严重，通过药物治疗就可以了，可以跟自己的主治大夫进行沟通。巧克力囊肿术后不一定非要打针，需要根据病情来决定。治疗巧克力胶囊的方法有很多，其中包括药物治疗，手术治疗，中医治疗，需要根据自身的情况来使用治疗方法，一般症状较轻，可以使用药物或者中医治疗，如果严重要手术治疗。术后患者要注意自己情绪的调节，避免大喜或大悲，在饮食上多吃清淡的，忌食辛辣，忌烟忌酒，对于作息时间严格把控。

巧克力囊肿治疗，可以采用药物或手术的方法治疗。强调个体化治疗，主张选对药物积极治疗，并结合密切随访复查，注意卵巢囊肿的性质变化，症状轻或无症状的轻微病变患者选用期待疗法。有生育要求的轻度患者明确诊断后先行药物治疗，病情重者行保留生育功能的手术。年轻但无生育要求的重症患者，可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗，症状及病变均严重的无生育要求患者可以进行根治性手术。手术方法有开腹手术和腹腔镜手术两种。腹腔镜手术是最佳的处理方法，目前以腹腔镜确诊加手术以及药物为内异症治疗金标准。迄今为止，除根治性的手术外，还没有理想的根治方法，无论是药物治疗或保守性的手术治疗，都有相当高的复发率。因此应该根据患者年龄、症状、体征、病变范围以及对生育要求，患者的主观愿望等因素加以选择。