吃避孕药可能会有形成血栓，造成肝或肾脏功能的损害，血脂上升，水肿等危害。
目前市面上最多见的避孕药就是复方的短效口服避孕药。复方的短效口服避孕药，里面主要有两种成分，一种是雌激素的成分，一种是孕激素的成分。所以说口服避孕药的危险主要也是由于这两种成分造成的。血栓最常形成的部位就是下肢静脉的血栓。下肢静脉血栓形成之后，可能脱落，脱落在肺上，就会有可能形成肺栓塞。一旦形成肺栓塞之后，就可能成为一个非常危险一个情况。
最主要的危害就是血栓。一般来说，对于大多数患者出现的概率还是相对比较低的。但是对于既往有血栓病史的患者，或者是有血栓高危因素的患者，或者是家里有血栓家族史的患者，在使用口服避孕药的时候就得非常谨慎的。除此之外，口服避孕药需要通过肝肾进行代谢的，所以也有极少部分的患者在服药期间可能出现肝或者是肾脏功能的损害。所以在吃口服避孕药期间是需要定期监测肝肾功能血脂的情况。
复方口服避孕药有可能导致血脂的上升。由于口服避孕药里面有孕激素的成分，而孕激素通常会促进水钠的储留，所以有部分女性患者可能会吃了复方口服避孕药之后出现水肿的状况。当然现在有很多新的口服避孕药了，应激素里面是含有利尿的成分，能减轻水肿的出现。