肾结石形成的原因有：传性因素、代谢性的因素、感染性的因素、环境因素、饮食因素、肾脏的解剖因素、药物因素等等。
肾脏的功能是排泄代谢产物和水，每天可以排出约一千五百毫升的尿液，可以带走三十到五十克的代谢产物。这些代谢产物在尿中有一定的浓度，由于喝水少，尿量少的时候，尿液中的这些溶质的浓度可能会过饱和状态，可以析出结晶，在局部存留之后可以生长聚积，最终可以形成结石。
机体的代谢性的疾病，比如甲状旁腺功能亢进、高糖、高血糖、皮质醇增多症等，长期的卧床，营养缺乏，维生素B6缺乏、缺酶等饮食，尿路梗阻的症状，感染、异物、药物的使用都是结石形成的一些常见的病因，结石中常见的成分是草酸钙结石，其他的成分在结石有磷酸镁铵、尿酸、磷酸钙，还有胱氨酸结石等等，肾结石很少由单纯一种晶体组成，大部分是含有两种或两种以上，而以一种为主。
肾结石的发病机制非常的复杂，很多因素都可能引起结石的形成。那么患者因饮水较少，尿量少，尿液中溶质浓度过饱和状态，最终形成结石。