耳膜内陷最常见的原因就是咽鼓管功能的异常，由于咽喉管功能异常，导致咽鼓管不能调节中耳的压力，使中耳形成负压，导致耳膜形成内陷。
引起咽喉管功能异常的原因比较多，最常见的是上呼吸道感染，炎症引起。当上呼吸道感染时，病人的咽鼓管、咽口黏膜会充血、肿胀，病人会出现咽鼓管狭窄，导致病人中耳形成负压。
第二，当病人有鼻炎、鼻窦炎的时候，也会导致咽鼓管功能的异常。因为咽鼓管咽口开在鼻部的后面，当鼻腔有像过敏性鼻炎，或者急性鼻窦炎，这些鼻腔的分泌物会倒流，阻塞了咽鼓管的咽口，导致咽鼓管咽口的黏膜充血、肿胀，使咽鼓管狭窄，不能正常的开放，这样会导致中耳形成负压。
第三，鼻咽部本身炎症，像急性的鼻咽炎也会引起咽鼓管功能的异常。
另外，鼻咽部的腺样体的增生，腺样体本身增生会压迫咽鼓管，导致咽鼓管不能定期的开放，导致耳膜的内陷。一般在儿童的时候，腺样体的增生一般在10到14岁左右就会逐渐的萎缩，但是有一部分儿童腺样体增生非常的明显，会压迫咽鼓管，导致耳膜内陷，甚至引起中耳炎。有些成年人腺样体没有萎缩，也会压迫咽鼓管，导致咽鼓管功能异常。
有极少数的病人是由于鼻咽部的恶性肿瘤，像鼻咽癌、肿瘤组织压迫咽鼓管，最后导致咽鼓管功能异常，导致鼓膜的内陷。