先天的心脏病有遗传倾向，而且会发现有一部分的先天性心脏病，有明显的遗传倾向，不少单基因或者是多基因遗传性的疾病。会伴有心血管的畸形在先天性心脏病的病因当中，遗传基因的这种缺陷。
另外一个是母亲在怀孕期间一些状态会导致后天的这种胎儿的畸形，比如说母亲妊娠的早期患有病毒感染性的疾病。包括胎儿在子宫内有缺氧，并且或者是母亲服用过有致畸作用的药物，或者是母亲患有糖尿病、红斑狼疮，饮酒接受放射性辐射等这些原因都可能会导致胎儿心脏血管发生畸形。
即使有一些先天性心脏病的患者，并没有找到确切的病因。但是有可能就是有一些并不知道的原因导致而成。为了防止或者更早的发现胎儿患有先天性心脏病。一个是在怀孕期间或者怀孕前母亲要进行充分的身体的一个健康程度的评估。另外一个就是要保证饮食和环境的安全，另外在怀孕期间进行胎儿心脏的检查也非常的重要。