精神疾病的鉴别诊断与精神疾病相混淆，主要是代谢性疾病、遗传病和孤独症。代谢性疾病主要是体内的代谢毒物或废物，造成儿童脑损伤和发育障碍。这部分需要通过过渡性代谢性疾病的筛选来确定。遗传病主要是染色体异常、胚胎遗传物质携带问题，导致儿童生长发育迟缓和落后。还有最常见的疾病需要确定，这也是目前最重要的疾病。孤独症是一种需要被鉴定为智力迟钝的人，很容易被误诊。