肾结石的治疗针对患者状况和结石大小、是否形成肾积水等情况，采用相应的治疗方法。
对于5-6mm以下的小结石，或者经皮肾镜、输尿管软镜手术后残留的结石，可通过多运动、多饮水、口服药物治疗。如果结石成分是尿酸结石或者胱氨酸结石，可通过聚氨酸、氢钾钠等药物溶石治疗，部分患者可以使结石变小，促进结石的排出。对于特殊部位的小结石，如肾脏下盏的结石，需要经常变换体位并用双手叩击肾区，或通过体外物理排石机促进结石的排出。
对于保守治疗仍未排出的结石，小于两厘米的，可以通过体外冲击波或通过输尿管软镜进行碎石，将结石打到粉末化状态，术后结石可以自行排出。大于两厘米的结石、鹿角状结石，首选经皮肾镜手术，利用激光等能量平台将结石碎掉后排出。此外，还可以通过腹腔镜切开或者开放手术取石。