目前临床上认为巧克力囊肿的形成原因，是具有生长功能的子宫内膜异位到了卵巢位置，从而形成卵巢巧克力囊肿。它属于子宫内膜异位症的一种，病因主要是子宫内膜种植而形成的，所以巧克力囊肿的形成原因是因与饮食没有关系的。在正常情况下子宫内膜就在子宫腔内，随着卵巢分泌激素的影响而发生周期性的脱落，而子宫内膜跑到了卵巢的位置，就会形成卵巢巧克力囊肿，这种情况下如果囊肿较小是不用需要手术的。如果囊肿大于五厘米而且临床的不适的症状比较明显，则需要进行手术治疗。在饮食上应该避免食用辛辣、寒凉、生冷等刺激性的食物，这些食物不利于机体的恢复。

目前在临床上，对于女性来说要禁止在月经没有干净时进行性生活，即月经期是禁止性生活的。同时要注意性卫生，注意保持外阴阴道的清洁、干燥、卫生。在月经没有干净时要停止性生活，同时要做好避孕措施，尽量减少做宫腔操作，以减少子宫内膜异位症的发生，所说的宫腔操作，比如人工流产、刮宫、取环、上环等等。对于已经患有子宫内膜异位症的患者，卵巢囊肿的患者需要定期的去医院进行检查，以防止囊肿突然的长大或者破裂。同时在日常生活中应该调整好自己的情绪，保持乐观愉悦的心态，使自己机体的免疫系统恢复正常。要注意自身的保暖，避免受寒受凉，要注意腹部的保暖，注意调整自己的情绪，不要长期的过于焦虑、心烦，否则会干扰女性妇科内分泌，引起月经的紊乱。

巧克力囊肿在发病早期时，有一部分患者是没有明显症状的。由于卵巢巧克力囊肿位于盆腔的深部，在有一部分患者早期实是没有症状的；有一部分患者在发病的早期会出现下腹部的疼痛，经期疼痛明显，而且这种疼痛有时会下会阴部、肛门、大腿等部位进行放射，经期疼痛的症状较为严重，甚至需要服用止痛药。一部分患者在性生活时，由于子宫的收缩上提会引发性交痛，甚至还会伴随点滴出血的症状，长时间性欲低下；一部分早期卵巢巧克力囊肿的患者会出现月经的异常，比如月经量增多，经期延长、月经淋漓不止者，不能及时调理，甚至还会出现贫血的现象。

正常情况下，子宫内膜生长在子宫腔内，受体内雌孕激素的影响，每月脱落一次，形成月经。巧克力囊肿是指发生在卵巢上的子宫内膜异位囊肿，这种囊肿可以逐渐增大，有时会在经期或经后发生破裂，但很少发生恶变。卵巢子宫内膜异位囊肿，顾名思义，就是子宫内膜异位生长在卵巢上，异位的内膜与子宫腔内的内膜一样，都会随着卵巢分泌的雌孕激素的变化而变化，而发生坏死脱落流血，但是，因为没有排出的通道，只能集聚在卵巢内，久而久之形成囊肿。因为囊肿的内容物是子宫内膜和陈旧性的血液，样子很像巧克力，所以称为巧克力囊肿。巧克力囊肿的主要是症状是痛经、不孕和盆腔包块。巧克力囊肿的治疗方法主要是根据患者的年龄、生育要求的综合评估。手术是其主要治疗方法，术后为预防复发，需要继续用药治疗。

巧克力囊肿术后需要吃孕激素、雄激素类衍生物如合成的17α乙炔睾丸酮（达那唑）、19—去甲睾酮衍生物（孕三烯酮）、促性腺激素释放激素激动剂(GnRHa)、米非司酮等药物。巧克力囊肿是“肿块”但并非是“肿瘤”，是子宫内膜异位症的一种病变。建议经药物治疗效果不明显，或卵巢有较大包块的，可以采用保守性手术，如卵巢内膜囊肿巧克力液抽吸术、内膜囊肿剥除术或患侧卵巢切除术，以保留正常卵巢和生育功能。巧克力囊肿术后容易复发，可以选用下列药物预防复发：孕激素、雄激素类衍生物如合成的17α乙炔睾丸酮（达那唑）；19—去甲睾酮衍生物（孕三烯酮）；促性腺激素释放激素激动剂(GnRHa)；米非司酮。建议GnRH或孕三烯酮治疗内异症，但副作用大，易复发。建议看中医吃煎药，成药效果不佳。还有一个方法，假如已经生育，建议放曼月乐环，有治疗内异症作用。